xda-developersの同志にこの問題を投げかけたら、あっさりと解決方法を教えてもらいました。
下記のレジストリを修正します。
HKLM\Software\Tegic\eT9\Ime\CurrentET9Style
この値が「6」になっていましたが、これを「0」に変更し、再起動することで治りました。
というわけで、キャプチャ画像のようにキーボードにスペースキーが復活しました。
これでATOKで文字変換が出来るようになりました！！
このHTC製のQWERTY KEYBOARDは意外に使いやすいですね。
